SYBR Safe DNA 凝胶染料 — EB 的安全型替代物

研究表明，使用 SYBR Safe DNA 凝胶染料染色并通过 Safe Imager 蓝光透射仪观察处理的 DNA 构建体，其转化效率明显高于使用 EB 染色并使用紫外光透射仪观察处理的 DNA 构建体 (图 1)。

此外，随着紫外光照射时间的增加，使用 EB 染色构建体的转化效率下降了 30 倍。相比之下，使用 SYBR Safe DNA 凝胶染色的构建体，当长时间暴露于蓝光下，不会影响其转化效率 (图 1)。

使用 SYBR Safe 核酸染料染色并使用蓝光透射仪观察的 PCR 产物，其细菌转化效率几乎保持 100%，无论在蓝光下暴露多久 (图 2)。相比之下，与未暴露的 DNA 或 SYBR Safe 染色 DNA 相比，使用 EB 染色并在紫外光下暴露 30 秒的 PCR 产物，其成功转化的菌落数量减少了 80%。

根据环境保护署（EPA）的指导原则，SYBR Safe DNA 凝胶染料不属于腐蚀性、易燃性或反应性物品。

^‡ 所有测试均由位于加利福尼亚州圣地亚哥的 AMEC 地球与环境圣地亚哥生物分析实验室完成。

按照国家污染物排放消减系统（NPDES）的检测指南，SYBR Safe DNA 凝胶染料与 0.5X TBE 缓冲液之间无明显差异。

^††所有测试均由位于华盛顿州凯尔索的 Columbia Analytical Services，Inc. 完成。所使用方法见美国联邦法典 (CFR) 第 40 章第 136 节。

对于有机污染物含量， 0.5X TBE 稀释的 SYBR Safe DNA 凝胶染料与单独的 0.5X TBE 缓冲液之间无差异。对于下列有机化合物检测，两份样品均为阴性结果。

^‡‡ 分析样品为 0.5X TBE 和 0.5X TBE + 1X SYBR Safe DNA 凝胶染料；两种样品均未检测出上表所列化合物。*该测试由位于华盛顿州凯尔索的 Columbia Analytical Services, Inc. 完成。所使用方法见美国联邦法典 (CFR) 第 40 章第 136 节。

一些研究机构和市政当局已批准可将 Invitrogen SYBR Safe DNA 凝胶染料直接排放到其废水系统中。但是，各地处置法规各不相同。有关处置指南，请联系您相关的安全办公室或当地市政当局。

在由授权许可的独立检测实验室进行的诸多测试中， SYBR Safe DNA 凝胶染料几乎没有遗传毒性，并且没有急性毒性。该染料不属于美国联邦法规所规定的危险废物。尽管如此，使用该试剂时仍然建议按照日常实验室安全操作规范。

所有 Invitrogen SYBR 染料都具有相似的光谱特性，但具有不同的化学组成。SYBR Safe DNA 凝胶染料经特殊开发设计，作为更为安全的溴化乙锭（EB）替代物。Invitrogen SYBR Green I 核酸凝胶染料是一种针对 dsDNA 的超灵敏染料， Invitrogen SYBR Green II RNA 凝胶染料是一种针对 RNA 和 ssDNA 的高灵敏度染料。所有 SYBR 染料均可使用 Invitrogen Safe Imager 蓝光透射仪得到最佳激发。

可以。融化琼脂糖时，只需简单地用 SYBR Safe DNA 凝胶染液替换缓冲液即可。如果使用 10,000X SYBR Safe DNA 凝胶染料浓缩液，则在琼脂糖凝胶缓冲液中 (如 1X TBE 或 1X TAE) 以 1:10,000 的比例进行稀释，然后向琼脂糖粉末中加入缓冲液/染色液。琼脂糖/SYBR Safe DNA 凝胶染料混合物可在微波炉中进行短暂加热。

SYBR Safe DNA 凝胶染料的 1X 溶液中染料含量低于 1 ppm。

水和 70% 乙醇可去除洒出的大部分染料。对于持久性染料，可使用漂白剂。在暗室中使用手持式紫外灯检查是否有任何剩余的染料。

可使用 蓝光透射仪  (如 Invitrogen Safe Imager 或常规紫外透射仪) 观察经 SYBR Safe DNA 凝胶染料染色的 DNA。如果您接下来计划使用 DNA 进行分子克隆，请避免将经 SYBR Safe 染色的 DNA 暴露于紫外光下。

与紫外光不同，蓝光对 DNA 损伤较小，因此对您的 DNA 样本来说更安全，对 DNA 样本更好。使用 SYBR Safe DNA 凝胶染料和Safe Imager蓝光透射仪，与使用溴化乙锭（EB）染色并暴露于紫外光下相比，DNA 克隆效率更高。

使用 SYBR Safe DNA 凝胶染料染色的条带可在 300 nm 透射仪上观察到。但是，使用 CCD 或胶片相机和 UV 兼容的发射滤光片对凝胶进行成像，可获得最佳检测结果。紫外灯泡可能还会发射一些红外光；如果您的相机镜头没有专门涂层以阻隔红外光，则需要使用红外滤光片来防止凝胶后面的紫外光灯泡出现模糊图像。 如需获得最佳检测效果并提高安全性，请使用Safe Imager 蓝光透射仪。

Invitrogen SYBR Safe 拍照滤光片可直接安装在 Polaroid® 相机镜头前面，适用于使用 Polaroid® B&W film (#667) 对凝胶进行成像。

请参考"使用 SYBR Safe 核酸染料的滤光片推荐"。请注意，SYBR Safe DNA 凝胶染料的激发和发射光谱与 SYBR Green I、SYBR Green II 和 SYBR Gold 染料以及荧光素（FITC）极为相似。因此，亦可使用适用于这些染料的滤光片。 当使用 Safe Imager 蓝光透射仪时，无需再单独使用滤光片；仪器随附的琥珀色滤光片具有该功能。

由于成像系统和发射滤光片种类太多，因此很难推荐特定的拍照设置。可根据经验确定适合的拍照曝光设置。凝胶成像系统的制造商可提供更详细的指南。

一些溴化乙锭（EB）滤光片允许透过 500 nm 以上的所有光。这些滤光片 (通常为黄色) 及其相关的相机设置可用于 SYBR Safe DNA 凝胶染料，通常只需对曝光或增益进行较少调整。其他溴化乙锭滤光片 (通常为红色) 仅能透过 600 nm 或以上的光；这些滤光片及其相关的相机设置不适合与 SYBR Safe DNA 凝胶染料搭配使用。

SYBR Safe DNA 凝胶染料有两个主要激发峰：紫外光区 280 nm；可见光区 502 nm。因此， 254 nm 或 300 nm 紫外光可以进行激发， 488 nm 激光、470 nm LED 和蓝色激发光 (如 Safe Imager 蓝光透射仪) 也可进行激发。最大激发波长为 502 nm；因此Safe Imager 蓝光透射仪是激发 SYBR Safe DNA 凝胶染料的最佳选择。 SYBR Safe DNA 凝胶染料的完整激发和发射光谱可在线查阅，也可查看染料随附提供的说明书。

一些衣物中使用的美白剂以及某些真菌和细菌，其荧光波长与 SYBR Safe DNA 凝胶染料相同。凝胶里或者凝胶表面如果有这些污染物就可能会产生这种“斑点”。

SYBR Safe DNA 凝胶染料与我们迄今为止测试的所有下游实验应用兼容，包括从凝胶中切割 PCR 产物、凝胶纯化、Invitrogen Gateway 和 TOPO 克隆以及限制性内切酶克隆。如果您发现有一项 SYBR Safe DNA 凝胶染料兼容的特殊实验应用，欢迎将详细信息发送至 techsupport@thermofisher.com。

使用前，在 TAE 或 TBE 缓冲液中将 SYBR Safe DNA 凝胶染料浓缩液稀释 10,000 倍。对于大多数小型凝胶， 50 mL 1X 染液已足够 (例如，使用 50 mL 缓冲液稀释 5 μL 浓缩液)。对于更大的凝胶，可按比例增加使用量，以确保整个凝胶在染色过程中被完全浸没。

SYBR Safe DNA 凝胶染料的灵敏度与溴化乙锭类似—在小型凝胶中，通过 300 nm 透射仪观察大于 200 bp 的片段，可检测大约 500 pg/ 条带。

我们建议勿重复使用 SYBR Safe DNA 凝胶染料，其会显著降低灵敏度。

SYBR Safe DNA 凝胶染料可短暂进行微波加热，性能不会损失。如果进行反复或长时间微波加热，我们暂不知道会产生什么样的结果。

我们建议在存储和凝胶染色过程中将 SYBR Safe DNA 凝胶染料进行避光。然而，它足够稳定，能够承受 >30 分钟的紫外照射。实际上，需要数小时的持续紫外光或明亮的室内光照才会导致信号出现明显损失。

我们发现，当从凝胶中纯化 DNA 以供下游实验使用时，使用 SYBR Safe DNA 凝胶染料和蓝光透射，相比使用 EB 和 UV，具有明显的优势。使用 SYBR Safe DNA 凝胶染料和带有蓝光灯座的 Invitrogen E-Gel 成像仪系统发出的非紫外蓝光进行 DNA 切胶回收纯化，不会出现紫外诱导的切割或交联，从而显著提高克隆效率。

目前已经有多种 Invitrogen E-Gel 预制琼脂糖凝胶使用 SYBR Safe DNA 凝胶染料。这些凝胶的使用方式与含有溴化乙锭凝胶的使用方式相同。如需了解 Invitrogen E-Gel 预制琼脂糖凝胶的更多信息，请访问 www.thermofisher.com/egels。

SYBR Safe DNA 凝胶染料可轻松通过乙醇沉淀从核酸中去除。

与溴化乙锭（EB）类似， SYBR Safe DNA 凝胶染料的迁移方向与 DNA 的迁移方向相反。不过这对 SYBR Safe DNA 凝胶染料所灌制凝胶的使用没有实际影响，因为只有凝胶底部的染料浓度才会低一些。凝胶中染料浓度有多低最终取决于琼脂糖浓度、所使用的缓冲液和电泳条件（包括电压、瓦数和电泳距离等)。向电泳缓冲液中添加 SYBR Safe DNA 凝胶染料，可以部分抵消这种影响。