Oncomine Lung cfTNA 研究检测是检测从全血血浆组分中分离的肺癌肿瘤来源无细胞 DNA 和 RNA（无细胞总核酸；cfTNA）的完整解决方案的一部分。其提供了文库构建试剂，以及用于从单管 10 mL 全血的血浆组分中获得的 cfTNA 制备扩增子文库的一池多重 PCR 引物。

液体活检相对于传统实体瘤活检具有几大优势：
•侵入性较小，可在多个时间点采集样品以监测癌症进展
•成本较低
•从样品到结果的周转时间更短
•更好地表示肿瘤异质性

Oncomine Lung cfTNA 研究检测可实现以下分析：
• 热点基因 (SNV) 和短插入缺失：ALK、BRAF、EGFR、ERBB2、KRAS、MAP2K1、MET、NRAS、PIK3CA、ROS1 和 TP53（覆盖 ∼168 个热点）
• 基因融合：ALK、RET、ROS1
• MET 外显子 14 跳读
• 拷贝数基因 (CNV)：MET

已确定这些基因在非小细胞肺癌 (NSCLC) 中经常突变。通过使用标签测序技术，可以实现各种变体类型的检测下限 (LOD)*：
•对于 SNV/短插入缺失，可实现 LOD 为 0.1%、灵敏度 ∼90%、特异性 >99%
• 对于融合和 MET 外显子跳读，可实现 LOD 为 1%、灵敏度 >90%、特异性 >99%
• 对于 MET CNV 靶标，可实现检测低至 1.2 倍扩增、灵敏度 >90%、特异性 >99%

使用 Ion S5 XL 测序系统可仅在 2 天内完成从使用 MagMAX 无细胞总核酸分离试剂盒进行 cfTNA 分离到样品分析的整个工作流程。

技术
在全血血浆组分中观察到极低浓度 cfDNA 和 cfRNA。由于此低发病率，所以该检测中采用了标签测序技术。该技术将独特的分子标签连接至基因特异性引物上（下图）。扩增后，将根据标签对已标记分子进行分组。在 80% 或更长的时间含有相同突变体的组将被称为阳性。使用标签技术，通过文库构建/测序过程生成的随机错误序列能够被清除。

与 LOD 为 1-5% 的其他技术不同，Oncomine 肺 cfTNA 研究测定试剂盒针对 SNV 具有低至 0.1% 的灵活检测限或在 1,000 个野生型拷贝背景中具有 1 个突变体拷贝。为了达到 0.1% LOD，需要 20 ng cfDNA 上样量。cfTNA 用量可以更低，但 LOD 将更高，这取决于起始量。

优势：
•用于短 cfDNA 的优化扩增子设计确保可能较高的捕获率
• 标签测序技术通过去除随机掺入的错误，尽可能减少假阳性结果
• 优化的靶向测定试剂盒设计可进行高度多重下一代测序 (NGS)，
降低每份样品的测序成本
• 2 天内即可完成的高效工作流程

使用 Torrent Suite 软件 5.2 或更高版本，可以实现对 SNV 和短插入缺失的分析。为分析 SNV、短插入缺失、融合和 CNV，需要 Ion Reporter 5.6（基于云端或服务器）。

标签测序技术具有简单性、快速和可扩展性
Oncomine 肺 cfTNA 研究测定试剂盒只需 5 ng cfTNA 上样量即可进行靶向文库构建从而进行癌症基因研究。Oncomine Lung cfTNA 研究检测与 FFPE 样品兼容，可用于潜在的一致性研究。获得靶向文库的总时间仅为 4 小时。使用标签测序条形码套件 1-24 或 25-48（货号 A31830、A31847）实现可扩展性和灵活性，用于在 Ion S5 芯片上倍增条形码样品。

*使用从正常健康供体中分离的人工阳性样品和 cfTNA，测定各变体类型的敏感性和特异性。