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RiboMinus™ Bacteria 2.0 转录组分离试剂盒
Invitrogen™
RiboMinus™ Bacteria 2.0 转录组分离试剂盒
高效去除多种物种的 16S、23S 和 5S rRNA RiboMinus Bacteria 2.0
转录组分离试剂盒是一套完整且可自动化的试剂盒,可在不到两小时的时间内从完整的总
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高效去除多种物种的 16S、23S 和 5S rRNA
RiboMinus Bacteria 2.0 转录组分离试剂盒是一套完整且可自动化的试剂盒,可在不到两小时的时间内从完整的总 RNA(100 ng 至 5 μg)中高效、有选择性地去除细菌和古细菌核糖体 RNA (rRNA)。
RiboMinus Bacteria 2.0 试剂盒的主要特点:
•
高效
—随附的 RiboMinus 泛原核生物探针混合物始终显示不到 10% 的读段映射到 16S 和 23S rRNA 读段中
•
应用广泛
—使用 > 150 种探针设计,靶向常见门和亚门中 > 76 种具有代表性的细菌和古细菌的 16S、23S 和 5S rRNA 靶标
•
方便
— Kingfisher 仪器包括有 Dynabeads MyOne 链霉素亲和素 C1 磁珠和磁珠纯化模块及方案
•
灵活
—可适应 100 ng 至 5 µg 总 RNA 的质量输入;可处理 RIN 值为 5.0–10.0 的各种总 RNA 样品
•
检测灵敏度高
—与之前的版本相比,增加了映射到蛋白编码转录本的测序读段的数量
•
适用于宏转录组学
—去除宏基因组样品中许多微生物物种的 rRNA
靶向多种细菌和古细菌的 rRNA
RiboMinus Bacteria 2.0 试剂盒基于杂交捕获技术,并包括有一个新的 RiboMinus 泛原核生物探针混合物,可将剩余的核糖体读段减少 4 倍,并显示比之前的细菌探针混合物有显著改善。新的探针混合物采用了 150 多种 3’ 生物素标记的 ssDNA 寡核苷酸设计。这些设计是使用 76 种泛原核生物物种中高度保守的 rRNA 区域创建的(请参见下表),并使用了几种物种进行了测试(请参见以下的兼容性列表)。
包含 Dynabeads MyOne 链霉素亲和素 C1 纯化试剂盒
一旦探针混合物与目标 rRNA 转录本进行了选择性杂交,即可通过在 Dynabeads MyOne 链霉亲和素 C1 磁珠上捕获而完成探针-rRNA 复合物的去除,而留下去除了 rRNA 的 RNA。RiboMinus Bacteria 2.0 试剂盒包括有一个基于磁珠的纯化模块,用于浓缩去除了 rRNA 的 RNA,从而使 KingFisher 仪器操作更轻松、更具有可扩展性、自动化程度更高。所得的去除 rRNA 的 RNA(RiboMinus RNA)适合通过 RNA-Seq 或其他下游应用进行全转录组分析。
兼容性
已证明 RiboMinus 泛原核生物探针混合物适用于以下检测物种:
鲍曼不动杆菌
多形拟杆菌
长双歧杆菌
婴儿亚种。
空肠弯曲杆菌
艰难梭菌
大肠杆菌
具核梭杆菌
幽门螺旋杆菌
詹森氏菌属
热醋穆尔氏菌
恋臭假单胞菌
立氏立克次体
鼠伤寒沙门氏菌
铜绿假单胞菌
肠道沙门氏菌
金黄色葡萄球菌
凯伍热厌氧菌
霍乱弧菌
费氏弧菌
基于序列同源性已证明 RiboMinus 泛原核生物探针混合物适用于以下物种:
棒状杆菌属
粪肠球菌
葡糖杆菌属
黄色粘球菌
天蓝黄链霉菌
仅供研究使用。不可用于诊断程序。
规格
分离技术
磁珠
样品类型
总 RNA(细菌)
最终产品类型
转录组 RNA
高通量能力
不兼容高通量应用(手动)
适用于(应用)
下一代测序、微阵列分析、实时定量 PCR(qPCR),逆转录酶 PCR(RT-PCR),cDNA 文库构建
反应次数
12 reactions
产品线
RiboMinus™
数量
Each
原始材料量
100ng 至 5ug 的总 RNA
目标
转录组 RNA
系统类型
RiboMinus
形式
Magnetic Bead
Unit Size
12 reactions
内容与储存
RiboMinus 分离试剂盒包括 RiboMinus 磁珠、RiboMinus 人/小鼠、细菌或酵母菌探针以及杂交缓冲液。可选的 RiboMinus 浓缩模块包含离心柱、洗涤管、回收管、结合缓冲液、洗涤缓冲液和无 RNase(经 DEPC 处理)的水。分离模块在 +4°C 下储存,浓缩模块在室温下储存。妥善储存时,所有试剂均可保证 6 个月的稳定。