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MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒
MagMAX 微生物组试剂盒采用专为微生物组研究开发的独特试剂，可更快、更轻松地纯化高质量核酸。
无论采用哪种样品类型，无论样品的裂解难度如何，Applied Biosystems 微生物组试剂盒都可以帮助您提取出研究所需的纯化总核酸。
微生物组总核酸分离试剂盒的优势包括：
- 减少手动操作 —与手动方法相比，减少了珠磨和手动操作过程，获得了更高质量的无抑制剂核酸
- 加快工作流程 – 可在1小时内分离出 DNA 和 RNA
- 支持自动化 – 经过优化，可与 KingFisher 仪器配合使用
- 高效回收 – 可从各种微生物中回收 DNA/RNA，无需额外处理步骤
 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒 |  Invitrogen PureLink 微生物组 DNA 纯化试剂盒 | |
| 目标用户是谁？ | 正在自行开发微生物组研究测试方法，同时需要高低通量总核酸分离解决方案的研究实验室 | 一次至多处理24份样本的微生物组研究人员 |
| 样本类型 | 粪便、拭子、保存液、培养基、尿液、唾液和土壤 | |
| 研究需求 |
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| KingFisher 仪器兼容性 | KingFisher Duo Prime、Flex 和 Presto 仪器 | 无（仅限离心柱手动处理） |
| 洗脱体积 | 50 μL 至 200 μL | |
| 每次运行的时间 | 处理96份粪便样本需要 <60 分钟* | 处理96份粪便样本需要120分钟 |
| 核酸 | RNA 和 DNA | 仅限 DNA |
| 货号 | A42357、A42358 | A29790 |
| * 其他类型样本的处理时间可能有所不同。 | ||
多个供体
使用珠磨管的结果
图 1.在 1% 琼脂糖凝胶上分析从粪便（100 mg 上样量）中纯化的微生物总核酸质量。6个人类供体的总核酸样本各取 1 μg，一式两份，分别上样至一条泳道中。在溴化乙锭预染色的琼脂糖凝胶上，可以看到清晰的基因组 DNA 和 RNA 条带。使用 Invitrogen 1 Kb Plus DNA 分子量标准品进行大小测定。
备注：由于其不是 变性凝胶，因此 RNA 大小与实际显示不同。凝胶分析是在未变性条件下进行的，因此所显示的 RNA 大小与实际大小有所不同。
图 2.在 Nanodrop 2000 上测定从6个人类供体粪便（100 mg 上样量）样本分离的总核酸产量（同时测定 DNA + RNA）。
图 3.生物分析仪描绘的使用珠磨管版 MagMAX Ultra 微生物组总核酸分离试剂盒分离的人类粪便总 RNA 迹线图。使用包含原核 RNA 分析的 RNA 6000 Nano 试剂盒分析质量。具有代表性的电泳图指示了 16S 和 23S rRNA 峰位置。未标记峰对应于其他核糖体 RNA。
使用珠磨板的结果
图 4.在 1% 琼脂糖凝胶上分析从粪便（100 mg 上样量）中纯化的微生物总核酸质量。来自 4 个人类供体的总核酸样品各取 1.5 μg，上样至每个泳道中，每个供体取两份。通过溴化乙锭预染色的琼脂糖凝胶，可清晰观察到基因组 DNA 和 RNA 的条带。使用 Invitrogen 1 Kb Plus DNA 分子量标准品进行大小测定。
备注：由于此凝胶未变性，因此所显示的 RNA 大小与实际大小不同。凝胶分析是在未变性条件下进行的，因此所显示的 RNA 大小与实际大小有所不同。
图 5.在 Nanodrop 2000 上测定从4个人类供体粪便（100 mg 上样量）样本分离的总核酸产量（同时测定 DNA 和 RNA）。
图 6.生物分析仪描绘的使用珠磨板版 MagMAX Ultra 微生物组总核酸分离试剂盒分离的人类粪便总 RNA 迹线图。使用包含原核 RNA 测定的 RNA 6000 Nano 试剂盒分析质量。具有代表性的电泳图指示了 16S 和 23S rRNA 峰位置。未标记峰对应于其他核糖体 RNA。
珠磨板来源 DNA 和 RNA 的表达分析
图 7. 使用 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒从4个人类供体粪便样本中纯化的 DNA 的 qPCR 分析。TaqMan Assay用于一种革兰氏阳性菌（厚壁菌）和一种革兰氏阴性菌（拟杆菌）。用 TaqMan Assay分析厚壁菌和拟杆菌时，将总核酸以 1:100 的比例稀释。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced 预混液。
图 8. 使用 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒从4个人类供体粪便样本中纯化的 RNA 的 qPCR 分析。TaqMan Assay用于一种革兰氏阳性菌（厚壁菌）和一种革兰氏阴性菌（拟杆菌）。进行 RNA 分析时，总核酸用 DNase（使用 DNA Free 试剂盒 (Ambion)）处理，并用 Superscript Vilo 预混液进行逆转录以生成 cDNA。用 TaqMan Assay分析厚壁菌和拟杆菌时，将 cDNA 以 1:100 的比例稀释。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced 预混液。
使用珠磨板处理的粪便拭子
图 9.在 1% 琼脂糖凝胶上分析从粪便拭子中纯化的微生物总核酸质量。每条泳道上样 1 μg 从粪便拭子中分离的总核酸样本。对两种方案进行测试 – 拭子直接加入珠磨板/管孔中，以及拭子加入保存液中。在溴化乙锭预染色的琼脂糖凝胶上，可以看到清晰的基因组 DNA 和 RNA 条带（80 V，持续1小时）。使用 Invitrogen 1 Kb Plus DNA 分子量标准品进行大小测定。
备注：由于其不是变性凝胶，因此 RNA 所示大小与原始大小不同。 凝胶分析是在天然条件下进行的，因此 RNA 大小与实际情况有所不同。
图 10.在 Nanodrop 2000 上测定从冷冻粪便拭子和保存液中的粪便拭子分离的总核酸产量（同时测定 DNA 和 RNA）。
尿液、唾液和 VTM
图 11. 使用 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒从5个人类供体尿液样本中纯化的 DNA 的 qPCR 分析。TaqMan Assay 用于一种革兰氏阳性菌（厚壁菌门）和一种革兰氏阴性菌（大肠杆菌）。进行 RNA 分析时，总核酸用 DNase（使用 DNA Free 试剂盒 (Ambion)）处理，并用 Superscript Vilo 预混液进行逆转录以生成 cDNA。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced 预混液。
图 12. 使用 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒从5个人类供体唾液样本中纯化的 DNA 的 qPCR 分析。TaqMan Assay 用于一种革兰氏阳性菌（厚壁菌门）和一种革兰氏阴性菌（大肠杆菌）。进行 RNA 分析时，总核酸用 DNase（使用 DNA Free 试剂盒 (Ambion)）处理，并用 Superscript Vilo 预混液进行逆转录以生成 cDNA。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced 预混液。
图 13. 使用 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒从病毒保存液 (VTM) 样本中分离的总核酸的 qPCR 分析。在提取过程中，将 Zeptometrix 加标对照品掺入 VTM。针对加标对照品混合物所包含的几种靶标（包括 (-)ssRNA 病毒、(+)ssRNA 病毒、dsDNA 病毒和革兰氏阴性靶标）进行了 TaqMan Assay检测。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Virus 一步法预混液。
真菌
图 14. 使用 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒从真菌培养物中纯化的 DNA 的 qPCR 分析。使用总真菌 TaqMan assay进行 qPCR。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced 预混液。
图 15. 使用 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒从感染艰难梭菌的人类供体中纯化的 DNA 的 qPCR 分析。从 Discovery biosciences 获得样品，并使用艰难梭菌 TaqMan assay 进行 qPCR 分析。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced 预混液。
哺乳动物和其他物种
图 16.使用 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒对从哺乳动物和爬行动物粪便样本中分离出的总核酸进行 TaqMan assay检测。针对革兰氏阳性靶标（厚壁菌）进行 TaqMan Assay检测。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced 预混液。
图 17. 使用 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒对从哺乳动物、爬行动物、鸟类、鱼类粪便样本和真菌培养物中分离出的总核酸进行 qPCR 分析。针对革兰氏阳性和革兰氏阴性混合靶标 (16S) 进行 TaqMan Assay检测。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced 预混液。
土壤
图 18. 使用 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒对从德州土壤样本中分离出的总核酸进行 qPCR 分析。针对革兰氏阳性和革兰氏阴性混合靶标 (16S) 以及革兰氏阴性靶标（拟杆菌）进行 TaqMan Assay检测。TaqMan assay检测采用二十倍稀释的土壤总核酸制备物。进行 RNA 分析时，总核酸用 DNase（使用 DNA Free 试剂盒 (Ambion)）处理，并用 Superscript Vilo 预混液进行逆转录以生成 cDNA。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced 预混液。
图 19. 从患有溃疡性结肠炎的人类供体粪便中纯化的微生物 DNA 的物种水平 16S 图谱。从 UC 患者粪便中纯化总核酸（一式两份），然后使用 16S 宏基因组学试剂盒和 Ion plus 片段文库试剂盒合成 16S 文库。合并条形码标记文库并在 Ion Chef 仪器上进行模板化处理，然后在 Ion S5 系统上测序。使用 Ion 报告软件进行自动分析、注释和分类学分配。显示健康供体粪便样品 DNA 以进行物种水平比较， 同时在该图谱上显示丰度指标。红色表示高丰度物种，蓝色表示未检测出/稀少物种。R studio 程序用于使用 log(2) 值生成热图。
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图 20.从人类供体（按照营养学家推荐的食谱控制饮食16周）粪便中纯化的微生物 DNA 的物种水平 16S 图谱。从正在（或曾经）进行16周食谱控制的人类供体的粪便中分离总核酸（一式两份），然后使用 16S 宏基因组试剂盒和 Ion plus 片段文库试剂盒合成 16S 文库。合并条形码标记文库并在 Ion Chef 仪器上进行模板化处理，然后在 Ion S5 系统上测序。使用 Ion 报告软件进行自动分析、注释和分类学分配。显示未控制饮食供体的粪便样本 DNA 以进行物种水平比较，同时在该图谱上显示丰度指标。红色表示高丰度物种，蓝色表示未检测出/稀少物种。R studio 程序用于使用 log(2) 值生成热图。
问：使用此试剂盒可处理哪些类型的样本？
答： 该试剂盒开发用于从人类粪便、拭子（直肠、皮肤、口颊）和体液（尿液、唾液、VTM）中快速有效分离不含抑制剂的微生物 DNA/RNA。实验证实，该试剂盒还适用于大鼠粪便和土壤样本。鉴于粪便和土壤样本是较难均质化和去除抑制剂的样本类型，可以说该试剂盒适用于研究人员可能在实验室中处理的大多数其他样本类型。
问：此试剂盒能有效裂解革兰氏阳性菌和复杂真菌物种吗？
答：该试剂盒采用化学和机械（珠磨）的组合裂解策略，即使是较复杂的微生物种群成员也可有效裂解，并从中回收 DNA/RNA。
问：纯化的 DNA/RNA 完全不含抑制剂吗？
答：MagMax 微生物组试剂盒基于新开发的缓冲液系统，可去除绝大多数不同的酶促反应抑制剂——即便是粪便和土壤等较为复杂的样本。在极少数情况下，如果纯化的 DNA/RNA 中仍含有部分抑制剂，可以将样本稀释 10-20 倍，然后再进行下游 PCR 或其他反应。
问：此试剂盒的珠磨选项有哪些？
| 珠磨选项 | 设置 |
|---|---|
| Omni Bead Ruptor 96 | 30 Hz - 2 min |
| Mini Bead Beater 96 | 2 min |
| Bead Bug | 4 min（4 m/s 下） |
| 孔板振荡器（带板接头的涡旋仪） | 5 min（2000 rpm 下） |
| 带24管接头的涡旋仪 | 10 min（2500 rpm ） |
问：使用此试剂盒仅获取 DNA 或 RNA 的选项有哪些？
仅 DNA：在“洗涤1”和“洗涤2”板中各加入 10 μL RNase A（10 μg；AM2271）。
仅 RNA：可采用 DNA-free DNA 去除试剂盒 (AM1906) 处理纯化的总核酸。
多个供体
使用珠磨管的结果
图 1.在 1% 琼脂糖凝胶上分析从粪便（100 mg 上样量）中纯化的微生物总核酸质量。6个人类供体的总核酸样本各取 1 μg，一式两份，分别上样至一条泳道中。在溴化乙锭预染色的琼脂糖凝胶上，可以看到清晰的基因组 DNA 和 RNA 条带。使用 Invitrogen 1 Kb Plus DNA 分子量标准品进行大小测定。
备注：由于其不是 变性凝胶，因此 RNA 大小与实际显示不同。凝胶分析是在未变性条件下进行的，因此所显示的 RNA 大小与实际大小有所不同。
图 2.在 Nanodrop 2000 上测定从6个人类供体粪便（100 mg 上样量）样本分离的总核酸产量（同时测定 DNA + RNA）。
图 3.生物分析仪描绘的使用珠磨管版 MagMAX Ultra 微生物组总核酸分离试剂盒分离的人类粪便总 RNA 迹线图。使用包含原核 RNA 分析的 RNA 6000 Nano 试剂盒分析质量。具有代表性的电泳图指示了 16S 和 23S rRNA 峰位置。未标记峰对应于其他核糖体 RNA。
使用珠磨板的结果
图 4.在 1% 琼脂糖凝胶上分析从粪便（100 mg 上样量）中纯化的微生物总核酸质量。来自 4 个人类供体的总核酸样品各取 1.5 μg，上样至每个泳道中，每个供体取两份。通过溴化乙锭预染色的琼脂糖凝胶，可清晰观察到基因组 DNA 和 RNA 的条带。使用 Invitrogen 1 Kb Plus DNA 分子量标准品进行大小测定。
备注：由于此凝胶未变性，因此所显示的 RNA 大小与实际大小不同。凝胶分析是在未变性条件下进行的，因此所显示的 RNA 大小与实际大小有所不同。
图 5.在 Nanodrop 2000 上测定从4个人类供体粪便（100 mg 上样量）样本分离的总核酸产量（同时测定 DNA 和 RNA）。
图 6.生物分析仪描绘的使用珠磨板版 MagMAX Ultra 微生物组总核酸分离试剂盒分离的人类粪便总 RNA 迹线图。使用包含原核 RNA 测定的 RNA 6000 Nano 试剂盒分析质量。具有代表性的电泳图指示了 16S 和 23S rRNA 峰位置。未标记峰对应于其他核糖体 RNA。
珠磨板来源 DNA 和 RNA 的表达分析
图 7. 使用 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒从4个人类供体粪便样本中纯化的 DNA 的 qPCR 分析。TaqMan Assay用于一种革兰氏阳性菌（厚壁菌）和一种革兰氏阴性菌（拟杆菌）。用 TaqMan Assay分析厚壁菌和拟杆菌时，将总核酸以 1:100 的比例稀释。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced 预混液。
图 8. 使用 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒从4个人类供体粪便样本中纯化的 RNA 的 qPCR 分析。TaqMan Assay用于一种革兰氏阳性菌（厚壁菌）和一种革兰氏阴性菌（拟杆菌）。进行 RNA 分析时，总核酸用 DNase（使用 DNA Free 试剂盒 (Ambion)）处理，并用 Superscript Vilo 预混液进行逆转录以生成 cDNA。用 TaqMan Assay分析厚壁菌和拟杆菌时，将 cDNA 以 1:100 的比例稀释。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced 预混液。
使用珠磨板处理的粪便拭子
图 9.在 1% 琼脂糖凝胶上分析从粪便拭子中纯化的微生物总核酸质量。每条泳道上样 1 μg 从粪便拭子中分离的总核酸样本。对两种方案进行测试 – 拭子直接加入珠磨板/管孔中，以及拭子加入保存液中。在溴化乙锭预染色的琼脂糖凝胶上，可以看到清晰的基因组 DNA 和 RNA 条带（80 V，持续1小时）。使用 Invitrogen 1 Kb Plus DNA 分子量标准品进行大小测定。
备注：由于其不是变性凝胶，因此 RNA 所示大小与原始大小不同。 凝胶分析是在天然条件下进行的，因此 RNA 大小与实际情况有所不同。
图 10.在 Nanodrop 2000 上测定从冷冻粪便拭子和保存液中的粪便拭子分离的总核酸产量（同时测定 DNA 和 RNA）。
尿液、唾液和 VTM
图 11. 使用 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒从5个人类供体尿液样本中纯化的 DNA 的 qPCR 分析。TaqMan Assay 用于一种革兰氏阳性菌（厚壁菌门）和一种革兰氏阴性菌（大肠杆菌）。进行 RNA 分析时，总核酸用 DNase（使用 DNA Free 试剂盒 (Ambion)）处理，并用 Superscript Vilo 预混液进行逆转录以生成 cDNA。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced 预混液。
图 12. 使用 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒从5个人类供体唾液样本中纯化的 DNA 的 qPCR 分析。TaqMan Assay 用于一种革兰氏阳性菌（厚壁菌门）和一种革兰氏阴性菌（大肠杆菌）。进行 RNA 分析时，总核酸用 DNase（使用 DNA Free 试剂盒 (Ambion)）处理，并用 Superscript Vilo 预混液进行逆转录以生成 cDNA。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced 预混液。
图 13. 使用 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒从病毒保存液 (VTM) 样本中分离的总核酸的 qPCR 分析。在提取过程中，将 Zeptometrix 加标对照品掺入 VTM。针对加标对照品混合物所包含的几种靶标（包括 (-)ssRNA 病毒、(+)ssRNA 病毒、dsDNA 病毒和革兰氏阴性靶标）进行了 TaqMan Assay检测。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Virus 一步法预混液。
真菌
图 14. 使用 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒从真菌培养物中纯化的 DNA 的 qPCR 分析。使用总真菌 TaqMan assay进行 qPCR。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced 预混液。
图 15. 使用 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒从感染艰难梭菌的人类供体中纯化的 DNA 的 qPCR 分析。从 Discovery biosciences 获得样品，并使用艰难梭菌 TaqMan assay 进行 qPCR 分析。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced 预混液。
哺乳动物和其他物种
图 16.使用 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒对从哺乳动物和爬行动物粪便样本中分离出的总核酸进行 TaqMan assay检测。针对革兰氏阳性靶标（厚壁菌）进行 TaqMan Assay检测。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced 预混液。
图 17. 使用 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒对从哺乳动物、爬行动物、鸟类、鱼类粪便样本和真菌培养物中分离出的总核酸进行 qPCR 分析。针对革兰氏阳性和革兰氏阴性混合靶标 (16S) 进行 TaqMan Assay检测。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced 预混液。
土壤
图 18. 使用 MagMAX Ultra 微生物组核酸分离试剂盒对从德州土壤样本中分离出的总核酸进行 qPCR 分析。针对革兰氏阳性和革兰氏阴性混合靶标 (16S) 以及革兰氏阴性靶标（拟杆菌）进行 TaqMan Assay检测。TaqMan assay检测采用二十倍稀释的土壤总核酸制备物。进行 RNA 分析时，总核酸用 DNase（使用 DNA Free 试剂盒 (Ambion)）处理，并用 Superscript Vilo 预混液进行逆转录以生成 cDNA。在快速循环条件下使用 TaqMan Fast Advanced 预混液。
图 19. 从患有溃疡性结肠炎的人类供体粪便中纯化的微生物 DNA 的物种水平 16S 图谱。从 UC 患者粪便中纯化总核酸（一式两份），然后使用 16S 宏基因组学试剂盒和 Ion plus 片段文库试剂盒合成 16S 文库。合并条形码标记文库并在 Ion Chef 仪器上进行模板化处理，然后在 Ion S5 系统上测序。使用 Ion 报告软件进行自动分析、注释和分类学分配。显示健康供体粪便样品 DNA 以进行物种水平比较， 同时在该图谱上显示丰度指标。红色表示高丰度物种，蓝色表示未检测出/稀少物种。R studio 程序用于使用 log(2) 值生成热图。
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图 20.从人类供体（按照营养学家推荐的食谱控制饮食16周）粪便中纯化的微生物 DNA 的物种水平 16S 图谱。从正在（或曾经）进行16周食谱控制的人类供体的粪便中分离总核酸（一式两份），然后使用 16S 宏基因组试剂盒和 Ion plus 片段文库试剂盒合成 16S 文库。合并条形码标记文库并在 Ion Chef 仪器上进行模板化处理，然后在 Ion S5 系统上测序。使用 Ion 报告软件进行自动分析、注释和分类学分配。显示未控制饮食供体的粪便样本 DNA 以进行物种水平比较，同时在该图谱上显示丰度指标。红色表示高丰度物种，蓝色表示未检测出/稀少物种。R studio 程序用于使用 log(2) 值生成热图。
问：使用此试剂盒可处理哪些类型的样本？
答： 该试剂盒开发用于从人类粪便、拭子（直肠、皮肤、口颊）和体液（尿液、唾液、VTM）中快速有效分离不含抑制剂的微生物 DNA/RNA。实验证实，该试剂盒还适用于大鼠粪便和土壤样本。鉴于粪便和土壤样本是较难均质化和去除抑制剂的样本类型，可以说该试剂盒适用于研究人员可能在实验室中处理的大多数其他样本类型。
问：此试剂盒能有效裂解革兰氏阳性菌和复杂真菌物种吗？
答：该试剂盒采用化学和机械（珠磨）的组合裂解策略，即使是较复杂的微生物种群成员也可有效裂解，并从中回收 DNA/RNA。
问：纯化的 DNA/RNA 完全不含抑制剂吗？
答：MagMax 微生物组试剂盒基于新开发的缓冲液系统，可去除绝大多数不同的酶促反应抑制剂——即便是粪便和土壤等较为复杂的样本。在极少数情况下，如果纯化的 DNA/RNA 中仍含有部分抑制剂，可以将样本稀释 10-20 倍，然后再进行下游 PCR 或其他反应。
问：此试剂盒的珠磨选项有哪些？
| 珠磨选项 | 设置 |
|---|---|
| Omni Bead Ruptor 96 | 30 Hz - 2 min |
| Mini Bead Beater 96 | 2 min |
| Bead Bug | 4 min（4 m/s 下） |
| 孔板振荡器（带板接头的涡旋仪） | 5 min（2000 rpm 下） |
| 带24管接头的涡旋仪 | 10 min（2500 rpm ） |
问：使用此试剂盒仅获取 DNA 或 RNA 的选项有哪些？
仅 DNA：在“洗涤1”和“洗涤2”板中各加入 10 μL RNase A（10 μg；AM2271）。
仅 RNA：可采用 DNA-free DNA 去除试剂盒 (AM1906) 处理纯化的总核酸。
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