实时荧光定量PCR（RT-PCR）的十大最常见陷阱

引物和探针设计不当

为了最高效地设计用于实时荧光定量PCR的引物和探针，我们强烈建议您使用引物设计软件。大多数引物设计程序均包含了可调节的参数以设计最佳的引物和探针。这些参数涉及了引物/探针的Tm值、互补性、二级结构以及扩增子大小等重要因素。另外还建议您限制连续的重复核酸数目。当设计用于真核目标序列的扩增子时，请选择在目标mRNA中至少跨越一个外显子-外显子接合点的PCR引物对，以避免从残留的基因组DNA模板扩增目标片段。

使用了低质量的RNA

已降解的或低纯度的RNA会抑制反转录效率并降低得率。所用的RNA应当来自于新鲜组织，或者经过RNA稳定试剂处理过的组织，如RNAlater短片段试剂（70–250 bp）等。这样可以避免少部分降解RNA对结果的影响。若无法使用完全完整的RNA，则可以使设计的引物对与感兴趣基因内部区域进行匹配。需要注意的是，对于真正的实时荧光定量PCR，部分降解的RNA可能无法给出基因表达的精确结果。

未使用“预混液”

qRT-PCR是一种分析RNA的高灵敏工具。由于PCR反应会扩增目的基因，所以误差也会被同时扩增出来。因此，无论何时都应当确保变异处于最低水平。“预混液”是反应试剂的混合液，在设置建立多个反应时应当使用它来最小化样品间和反应孔间的差异以提高可重复性。为了进一步减少孔间差异，可以向预混液中加入ROX等参比荧光。

引入交叉污染

对PCR区域的所有表面均应当使用DNA去污染试剂来进行日常去污染工作以防止交叉污染，推荐使用如DNAzap™的试剂，其可以破坏DNA。可以使用“无模板对照“（NTC）来排除试剂和实验桌面的交叉污染。NTC含有除RNA模板外的所有RT-PCR试剂。通常是用无核酸酶水简单地替换掉反应中的RNA。反应后NTC中应当没有合成任何产物；若有产物被合成了，则意味着RT-PCR试剂中的一种或多种被扩增产物污染了。

未使用“– RT”对照

在RNA制备过程中，事实上不可能完全去除基因组DNA。因此，在qRT-PCR实验中有必要加入无逆转录酶对照（“非扩增对照“，还可记为NAC）。通常，NAC是一个模拟的逆转录反应，其中含有除逆转录酶之外的所有RT-PCR试剂。若在NAC中可观察到产物，通常意味着样品中残留有DNA。

使用了不适当的均一化对照

任意qRT-PCR实验的可靠性均可以通过在实验中引入一个不变的内参对照得到改善，这样做有助于改善qRT-PCR的样品间差异以及样品定量过程中的误差。一个好的对照，其表达水平应当在所分析的样品中保持不变。通常我们使用18S rRNA作为对照，因为它相比其他传统内参对照如ß-actin或GAPDH等表达水平变化更小。

使用SYBR Green时未进行熔解曲线分析

理想情况下，实验样品在扩增子熔解温度下会产生一个清晰的峰（一阶导数图），而NAC及NTC则不会产生任何明显的荧光信号。这类结果意味着PCR产物是特异性的，且此时SYBR Green I 荧光是对目的产物的累积的直接测量。若熔解曲线显示为一系列的峰，则意味着此时很难分辨出特异性及非特异性反应产物。为了获取有意义的数据，这种情况下必须对qRT-PCR进行优化。