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阐明基因表达的改变是理解细胞对内部遗传病变、外部刺激和不断变化的环境条件的反应的基础。因此,RNA 表达模式是人类疾病预测和分类的生物标志物的独特来源。尽管迄今为止对蛋白质编码 RNA(所谓 poly-A + RNA)非常关注,但非编码 RNA 序列的重要性已得到良好证实。新一代 RNA 测序是 RNA 研究中高度引人注目的平台,具有以下主要优点:
从靶向基因表达分析到全转录组测序,Ion Torrent™ 产品将简单的样品制备与直观的数据分析相结合,最终实现完整的 RNA 测序方案。
靶向转录组测序
靶向测序方法着重于 >20,000 种已知基因,这是对于全转录组测序非常了不起的折衷方案,因为分析被极大地简化了
链特异性、无偏好的全转录组分析使得能够鉴定和定量分析已知和新型转录本。将 Ion S5™ 系统与 Invitrogen RNA 纯化和 Ion Torrent 文库构建试剂盒相结合,可以在全转录组测序时为您提供从简单样品制备到直观数据分析的可靠测序工作流程。
全转录组测序是重要的发现工具,但对于传统基因表达研究而言可能过于复杂。Ion AmpliSeq™ 转录组人基因表达试剂盒与微阵列技术相比,具有更大的定量线性动态范围,在利用新一代测序 (NGS) 提高速度和灵敏度的同时,保持简单的样品制备和数据分析。只需加入 10 ng RNA 并采用与福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 兼容的样品制备方式、测序和数据分析工作流程,即可靶向检测 >20,000个RefSeq 转录本,实现简单的基因水平表达分析。
Ion PGM™ 和 Ion Proton™ 系统可在链特异性、无假设的研究中为所有已知及新发现的小 RNA 转录物提供测序分析,例如 microRNA (miRNA)、短干扰 RNA (siRNA) 以及与 piwi 蛋白相作用的 RNA (piRNA)。
靶向 RNA 测序是用于追踪转录组研究的高性价比解决方案,或者其可用于快速关注通路或疾病相关内容。使用极少量的总 RNA(低至 500 pg 的未固定 RNA 或从 FFPE 样品分离 5 ng RNA),可以在简单的基于 NGS 的工作流程中检测少数、几百甚至数千个 RNA 靶标的表达,能够监测信使 RNA (mRNA),非编码 RNA (ncRNA),小分子 RNA 和基因融合。